1- Formdan seçili gelen idleri tek bir değişkende toplayalım ($ids = "1,2,3,4,5" gibi, array şeklinde).
2- Toplam kaç adet checkbox seçili gelmiş onu bulalım (örn: 10).
3- 2.de bulduğumuz toplamı for döngüsüne sokalım ve ekrana echo $ids[index value] şeklinde basalım. Eğer düzgün çalışıyorsa mysql_query kodunu çalıştırıp kayıt yaparsınız.

Anladığım kadarıyla bu şekilde yapabilirsiniz sanıyorum