Tontonq;

var express = require('express'); sana sadece proje içerisinde express modülerini kullanabileceğini belirtir.

senin down esnasında express i çekmek yerine express -d yi alman arasındaki fark şudur;
express dediğin anda projene hazır app gelir ve içerisinde expressin tüm kütüphaneli dahil olur bunu yapmak yerine express -d ile sadece modülleri çekersin ancak app.js oluşmaz o imkanı sana verir ne ihtiyacın varsa onu kullanırsın bahsi geçen projede bunun yerine express alınmış araştırılmadan üzerinden geçilmiş.

mesela atıyorum portunu değişkene attırmışsın bunun konfigurasyon içerisinde otomatik dahil olmasını sağlayabilirsin yada şunu ele alalım dosya açılışında var app = module.exports = express.createServer(); ile modülü tekrar export etmene gerek yoktu aslında connection.connect(); gibi bir işlemle aynı noktaya varılabilir.

sana yazmamdaki amaç son kullanıcılar değil onlar için bu uygulama bulunmaz elmas durumunda sen madem ki böyle bir uygulama içerisindesin bağımsız ve doğru atışlarla proje çıkarmanı dilerim.