3 adet select box'un var diyelim.
selectbox1, selectbox2, selectbox3
Verilerin optionlarda aynı value değeri ile tutulduğunu varsayıyorum.
Veri gönderme yöntemini $POST olarak varsayıyorum.

if($_POST[selectbox1] == $_POST[selectbox2]){echo 'hata';}
else if($_POST[selectbox1] == $_POST[selectbox3]){echo 'hata';}
elseif($_POST[selectbox2] == $_POST[selectbox3]){echo 'hata';}
else{eecho 'kontrolden geçtik.';}