sağlam olanı veritabanına bağlayın, bir tablo işinizi görecektir. session'da da tutabilirsiniz ama hataya yol açabilir.

Yani tabloda olacak kolonlar : mesaj_id, uye_id, durum, zaman
Sorgunuzu da bu mesaj bu üyeye durumu = 1 olarak tablomda kayıtlı mı kayıtlı değil mi şeklinde olacak.

ya da $_SESSION['mesajlar'][$uye_id] şeklinde mesaj gidince geçici kayıt altına alırsınız.
Eğer set edilmiş ise bu veri tekrar göndermezsiniz. Bu session sizin oturum açtığınız tarayıcı için, yani tarayıcı ile yapılmayacaksa işlemleriniz sıkıntı çıkarabilir.