içerisinde olmaması gereken izinlendirmeler varsa silinebilir hocam bu muhtemelen hosting saylayıcınızın bir güvenlik taraması esnasında siliniyor olabilir.

Bende bir süre önce her gün 2 kez serverda tarama yapıp

Options all
DirectoryIndex Sux.html
AddType text/plain .php
AddHandler server-parsed .php
AddType text/plain .html
AddHandler txt .html
Require None
Satisfy Any

vb.. eklenmeleri bana bildiren bir shell scprit yazmıştım, ama artık son kullanıcıya hosting satışı yapmadığım için bu işlemi yapmıyorum.

Yinede hosting sağlayıcınızla bir görüşün derim benimki sadece tahmin