5 ve 7 ye bölünenleri arıyorsan mantık hatası yapmışsın yanlış anlamadıysam. İf else koyduğun için misal 35 sayısı hem 5 hem 7 ye bölünebildiği halde sadece ilk if işleneceğinden 7 arrayına eklenmez. Şu şekilde yapmalısın:

$temp5 = $temp7 = '';
$team=0;
for($i = 1; $i <= 50 ; $i++){
	if($i%5 == 0){
	$temp5[] = $i;
	}
	if($i%7 == 0){
		$temp7[] = $i;
	}
}

echo implode(',',$temp5).' sayıları 5 ile tam bölünüyor. Ortalaması = '.array_sum($temp5)/count($temp5);

echo '<br /><br />';

echo implode(',',$temp7).' sayıları 7 ile tam bölünüyor. Ortalaması = '.array_sum($temp7)/count($temp7);