arkadaşım basitçe get veya post ile parametre gönderip önce içeriği değiştirir sonra çalıştırabilirsin. Misal

<?php
if(isset($_GET['dosya']) && !empty($_GET['tarih'])){
$yaz = fopen('c:\deneme.bat','w');
$komut = 'Mp4Box.exe -inter 500 "G:\\habervideo\\'.$_GET['tarih'].'\\'.$_GET['dosya'].'"';
fwrite($yaz,$komut);
fclose($yaz);
sleep(1);
exec('C:\\deneme.bat'); 
}
?>

gibi.