birkaç yolu var;
ilki, ilk aklıma gelen ve basit olan yolu bir php dosyasından uzak sunucudaki php dosyasına hükmetmek ve hükmettiğimiz dosyadan exec-system komutları ile exe dosyalarını çalıştırmak.

ikincisi, 4-5 sene önceki bir çalışmamdı. uzak sunucuya sshd kurup "ssh2" ile işlemlerimizi yürütüyorduk. php dosyasından root olarak uzak sunucuya hükmediyorduk.

---

dosya çalıştırmak için şunu yapmalısın.

shell_exec
exec
system

bu komutlar ile dosya çalıştırabilirsin.

Elimdeki birkaç örneği vereyim:
####

exec("TASKKILL /F /IM firefox.exe /T");

######
bir bat uzantılı dosyaya

"...\Rar.exe" a -m0 -o- "yeni_klasor.rar" "yeni_klasor"

yazıp

exec('dosya.bat');

diye çağırdığında yeni_klasor klasörünü yeni_klasor.rar olarak paketler gibi...