ilkönce şunu belirteyim: Windows server kullanmıyorum, windows7 kullanıyorum ve wamp kullanıyorum localhost olarak, dediğiniz gibi yaptım:

ffmpeg.exe nin yolu
C:\\wamp\\bin\\ffmpeg.exe

videonun yolu:
C:\\wamp\\www\\arastirma\\ffmpeg\\alkolluarackulla nma.mp4

script:

<?php
if(file_exists('C:/wamp/www/arastirma/ffmpeg/alkolluarackullanma.mp4')) {
	echo 'file exists';
exec("C:\\wamp\\bin\\ffmpeg.exe -i C:\\wamp\\www\\arastirma\\ffmpeg\\alkolluarackullanma.mp4 -f flv -ar 44100 C:\\wamp\\www\\arastirma\\ffmpeg\\alkolluarackullanma.flv"); 
} else {
	echo 'file none';
}
?>

ekrana flie exists yazıyor fakat dönüştürme işlemini yapmıyor, sizce neden olabilir bu sorun ?

Edit: ayrıca $output ve $return değişkenlerini ekledim şidmi ve $return den dönene değer bu:-1073741515
script:

<?php
if(file_exists('C:/wamp/www/arastirma/ffmpeg/alkolluarackullanma.mp4')) {
	echo 'file exists';
	exec("C:\\wamp\\bin\\ffmpeg.exe -i C:\\wamp\\www\\arastirma\\ffmpeg\\alkolluarackullanma.mp4 -f flv -ar 44100 C:\\wamp\\www\\arastirma\\ffmpeg\\alkolluarackullanma.flv",$output,$return); 
	echo $return; 
} else {
	echo 'file none';
}
?>