Şimdi öncelikle \\ çift slaş olması gerekli, tabiki windows kullandığın için, bu, bu sefer bahsettiğin linux sunucuda sorun olabilir, bu nedenle, PHP ile işletim sistemini tesbit edip windows ise \\ kullanıp linux ise \ tek slaş kullanarak işlemleri yapmak mantıklı olacaktır ayrıca sona eklenen exec komutunun sonuna eklenen $output ve ardından kullanılan print_r($output); işi bozuyor dahası ise print_r($output); nasıl bir çıktı verecek size ?

 <?php 
   exec("c:\\wamp\\bin\\ffmpeg.exe -i c:\\wamp\\www\\arastirma\\ffmpeg\\alkolluarackullanma.mp4 c:\\wamp\\www\\arastirma\\ffmpeg\\alkolluarackullanma.flv", $output); 
   print_r($output); 
?>

Ayrıca mesajlarınızda FFMPEG kurulumundan bahsediyorsunuz,

HAYIR, Windows servera FFMPEG kurulumu diye bir olay söz konusu değil öncelikle. Windows servera herhangi bir (güvenli) klasor içerisine ffmpeg.exe yi atar ve php sayfalardan dosyayı çağırırsınız hepsi budur.

Şimdi

$isletim_sistemi = 'NEY ??';

if($isletim_sistemi=='windows')
{   // windows ise  diyelim  ve devam edelim

exec("D:\\SERVER\\ffmpeg-20121010-git-1a104bf-win32-shared\\bin\\ffmpeg.exe -i D:\\SERVER\\htdocs\\site.com\\DENEME\\Lady_GaGa___Dirty_Sexy_Money.avi -f flv -ar 44100 D:\\SERVER\\htdocs\\site.com\\DENEME\\aa.flv");
}

else
{
// Linux ise  slaşları düzeltip kodlarımızı yazalım,  yada if kontollu yapalım  ...
}

ffmpeg-20121010-git-1a104bf-win32-shared ile video dönüşür, video dan resim alınır, istenirse birden fazla resim alınır, yukarıdaki kodlarda output yok olunca zaten exec çalışmıyor, tüm deneme yapılmalarında bu seni yanıltan faktörlerden biri, üstte verdiğim kodları hem yazdım, hem denedim, sonuç evet video konvert işlemi gerçekleşiyor.

Ancak linux serverlarda bu ne kadar işlemciyi yoruyor bilmiyorum ama, windows serverda oldukça işlemci gücü harcayan bir işlem ffmpeg.exe ile bu durumda, windows server kullanırken,

Video konvert işlemlerinde AMD Phenom 2 x4 gibi benzeri rakiplerine göre daha yüksek sonuçlar elde eden işlemci kullanmak belki mantıklı olacaktır.

intel e8600 ile amd 965 karşılaştırması:
http://www.anandtech.com/bench/Product/54?vs=102

Sonuçlarda e8600 zaman zaman küçük farklar ile 965 i bazı uygulamalarda geçmişsede, 965 özellikle video işlemlerinde FARK atarak e8600 ü geçiyor,

Kıyaslamayı daha eşit yapmak için, ise

http://www.anandtech.com/bench/Product/49?vs=102

q9650 ile amd 965 karşılaştırmasına bakalım;

yine cinebench, sorenson flash video creation gibi yazılımlarda AMD daha yüksek başarılar elde ediyor.

Bu durumda windows tabanlı bir serverda eğer video dönüştürme yapılacaksa evet AMD işlemci kullanmak oldukça mantıklı görünüyor.

Tabii kullanılacak olan scriptte video convert işlemini upload sırasında değilde, daha sonra CRON ile belirlenmiş bir zamanda yaptırmak da mantıklı olabilir.