wp kalıcı bağlantıları düzenlerken .htaccess in yazma izini var ise kod ekler. Eğer eklemez ise sizin karşılaştığınız sorun gibi 404 verir.
Ayrıca diğer eklentiler, özellikle cache eklentileri .htaccess e eklentinın çalışması ile alakalı kodlar ekler. şuanda sizinki 777 yada 755 dir.
Bunun böyle durmasında bir sorun yokturdur. Eğer yazma izinini kısıtlar iseniz ilerde eklenti vs. problem çıkarır, problemin .htaccess den çıktığını anlamayabilir, saatlerce uğraşabilirsiniz.