Kendiliğinden değişme olayı değildir. htaccess in yazma okuma izni nedir bunu kısıtlamalısınız.

.htaccess : 0644 olarak değiştirin daha sonra tekrar kontrol edin eğer ki devam ediyorsa sorun diğer dosya izinleriyle alakalı olabilir yada bir eklenti buna sebep olabilir kanısındayım.