Footer link zaten biryere kadar, bunu çoğu kişi bilir.
Çapraz linkler dediğiniz gibi neden olmuştur fakat IP bazında incelemek gerekirse, aynı IP üzerinde çok site bulunduğunda yine güzel sonuçlar alınabiliyor.
Keşke sadece linkleri kaldırıp gözlemleseydiniz ve daha sonra taşısaydınız. Daha verimli bir sonuç elde ederdiniz.
Google insights kullanın ve header & sidebar'a yönelin.