Site nasıl bir site, wordpress mi? Tüm dosyaları derken kök klasörde bir şey kalmadı mı, ne kaldı? Site virüs uyarısı veriyor mu? Bu tür bilgileri paylaşırsan daha iyi yardımcı olabiliriz.

http://sucuri.net/ adresinden bir bak sana sitende varsa zararlı kodları gösterecektir.

Webmaster Tools dan da yeniden değerlendirme talebi gönderirsen tahminen 2 gün içinde düzelir. (Genelde 1 günde güzeliyor)

https://www.google.com/webmasters/to...on?hl=tr&pli=1

ftp'ndeki HTACCESS dosyasında olabilir sorun. dosyayı kontrol etmeni öneririm (note pad ile açarak). problem onda ise ki yuksek ihtimal, dosyayı silip yeniden duzgun olan bir tane ftp'ye upload et. sonra bu httaccess dosyasının 644 olan izin numarasını 444 olarak degistir (aksi halde yeninden basına gelebilir.). ve tum bu islemin sonunda google webmaster araclarından yeniden degerlendirme iste.