Site açıldığı anda kaç sorgu çalışıyor ?
Sorgularda cache kullanıyormusunuz ?
InnoDB çok fazla veri girilerinde uygundur , içeriklerinizin çağırıldığı tablo InnoDB olabilir mi ?
Tablolarınız MyIsam ise optimize etmeyi denediniz mi ?
Kısaca siz site adresini pm olarak gönderseniz ve incelesem ?