siteyi komple silmişssin.

büyük ihtimalle iframe virüsü bulaşmıştır.

öncelikle virüs programın aktif şekilde siteye girmeye çalış. Porgramın uyaracaktır şu dosya virüslü diye. sende açacaksın o dosyayı programın gösterdigi zararlı kodları sileceksin. daha sonra sunucna atacaksın f5 yapacaksın uyarılar bitince google webmastertools tan gireceksin, tekrar degerlendirme istegi göndereceksin.

ayrıca konunun php ile alakası yok.