asp:texbox kullanınca onun id'si page render olunca değişir. Bu nedenle göremiyor. Onun yerine şu kullanımları deneyebilirsin.

$("#MainContent_datepicker").datepicker();
veya
$('[id*="datepicker"]').datepicker();

İlk yazdığımı kaynaktan kontrol ederek doğrula. Oradaki id ne ise onu yazmalısın. MainContent kısmı değişecektir sadece.