<?php
$sorgu = mysql_query("SELECT etiket FROM etiketler GROUP BY etiket");
while($cikti = mysql_fetch_assoc($sorgu)){
$etiket = $cikti['etiket'];
mysql_query("INSERT INTO etiketler_yeni (etiket) VALUES ('$etiket')");
}
?>

etiketler_yeni isminde (etiket ile aynı) yeni bir tablo yaratın. etiket sütunu unique olarak ayarlayın. Id belirleyecekseniz id sütunu da auto increment olarak ayarlayın.