ID atayın etiketlere Auto Increcemnt yapıp, yeni sütun ekleyince otomatik 1-2-3-4..2000000 diye id verir Mysql.

Ondan sonra while döngüsü ile etiketleri tek tek çekmeye başlayın.

Döngü şöyle olsun

<?php
$sinir = 250;//Buraya siniri gir.
$toplam = mysql_num_rows(mysql_query("SELECT id FROM etiketler"));
for($i=1;$i<=$sinir;$i++){
$rand = rand(0, $toplam);
$sorgu = mysql_query("SELECT id,etiket FROM etiketler LIMIT $rand,1");
$id = $cikti['id'];
$etiket = $cikti['etiket'];
mysql_query("DELETE FROM etiketler WHERE etiket=$etiket AND id!=$id");
}
?>

Bu veya Tablo aktarma yöntemi iş görür. Ayrıca her türlü php tarafında verileri çekip, işlem yapmanız gerekicek. Tabloyu yedekleyip, verdiğim yöntemi biraz geliştirip kullanın. İş görür.

Kodu düzelttim. Sorunsuz çalışır şimdi. $siniri düzenleyip kullanabilirsin. Sayfa sonuna HTML yenileme falan koyup, bir tabda açık bırakırsınız. Kendi kendine halleder olayı.