Veritabanları aynı mysql kullanıcısı üzerinde mi yoksa farklı kullanıcılar üzerinde mi? Yani hepsi için ayrı ayrı kullanıcı adı ve şifre mi oluşturdunuz? Eğer öyleyse, her biri için ayrı ayrı bağlantı açıp kapatmanız gerek. Gerisi klasik mysql_query..