Döngüde herhangi bir problem yok ama hem kendini hem sistemi neden yoruyorsun ki. Aşağıdaki örneği kullanabilirsin

$sorgu1 = "[kimlik]".$kimlik."[c]";
$dosya1 = file("system/userlist.txt");
if (in_array($sorgu1, $dosya1)){
	echo 'Kimlik mevcut';
} else {
	echo 'Kimlik mevcut değil';
}