Sistem dosyanızın başlangıcına koyup şifrelediğinizi varsayıyorum ;

<?php
	// Kontrol etmek istediğimiz dosya.
	$dosya = file_get_contents('footer.html');
	if( !preg_match('#<a href="http://www.google.com.tr/" target="_blank">Copyright</a>#' , $dosya) ){
		exit("Lütfen footer'daki link ile ilgili oynama yapmayınız.");
	}
?>

Tema dosyanızda ki footer kısımı ;
footer.html

		<div id="footer">
			<a href="http://www.google.com.tr/" target="_blank">Copyright</a>
		</div>
	</body>
</html>

Bu şekilde bir link koruması yapabilirsiniz ama dediğim gibi şifrelemeniz gerekiyor.