Include işlemi yerine class'lar var. Class'a yazarsın connectionstring'ini heryerden ulaşırsın. Aynı şekilde database işlemlerini de class'lar ile kolaylıkla halledebilirsin.

Masterpage kullanmak zorunda değilsin. Hazır tasarımın varsa usercontrol'ler oluşturursun ve her sayfaya koyarsın. Ama bunu masterpage'te bir kere yapacağın için iş yükün artar. Bu bahsettiğin menuleri ..vs include etmenin en iyi yolu usercontrol oluşturmaktır. Ama dediğim gibi masterpage kullanman senin her türlü yararına. Farklı sayfalardan masterpage içindeki elementlere ..vs ulaşarak işlemlerde yapabilirsin. Atıyorum iletişim sayfan vardır, ama menü orada görünmesin istiyorsundur, iletisim sayfasindan direk masterpage içindeki menu'ye ulasip gorunumunu iptal edebilirsin ... gibi.
Masterpage'in faydaları anlatmakla bitmez.