Uzak mysql sunucusuyla web sunucusunun birbirine olan uzaklığı önemli. İki sunucuda aynı veya çok yakın ülkelerdeyse web sunucusu mysql sunucudan hızlı yanıt alıp siteyi ziyaretçiye sunar ancak mesafe uzunsa webserver mysqle istek yapar mysql sunucudan geç yanıt geldiğinde php istekleride beklemeye başlar bu bahsettiğiniz problemi ortaya çıkarır.
Konu bununla alakalı değil, şöyle anlatayım yazmayı unutmuşum ;
Hosting sunucusuda kendime ait.
Uzak mysql bağlantı kurduğum sunucularda kendime ait.
Aynı verimerkezinde barınıyor, 2.5 yıllık bu iş hayatımda 7-8 farklı verimerkezine taşındım hepsinde aynı problemi yaşadım.
Başka firmalardan cpanel hosting aldığımda sorunsuz bağlantı kuruyor, bunun için ince ayrıntı yapmak gerekiyor sanırım sunucuya.