sanıyorum ki eski kategorilerin linklerini google wm toolsdan sildirirsen sorun olmaz
Webmastertools'daki URL kaldırma aracı bu tür işlemler için uygun değildir:
URL kaldırma aracı ne zaman KULLANILMAZ:
http://support.google.com/webmasters...answer=1269119
En iyi çözüm 301 yönlendirmesi ile eski URL'yi yenisine yönlendirmektir. Wordpress kullanılıyorsa basit bir eklentiyle bile sorun çözülebilir.