Arkadaşım sen başta yanlış anlatmışsın sorununu. Çözümü gayet kolay. Şimdi sorduğun soruları sessionda vs. tutup ona göre veritabanından çekeceksin. Misal ilk soru sorulduktan sonra :

$_SESSION['sorular'][] = $soru['id'];//vt den gelen soru idi

gibi tutacaksın. Daha sonraki sayfada o tuttuğun idler olmayan soruları çekeceksin:

select * from sorular where seviye = 1 and id not in(1,2,3) group by id order by rand() limit 1

gibi. Burada 1,2,3 yerine sesionda tuttuğun idleri ekleyeceksin.