Cron Job ile alakası yoktur. Cron Job sadece o dosyayı belirttiğiniz aralıklar ile çalıştırmaya yarar. Sorun dosyadadır büyük ihtimalle. Çalıştığı zaman kaynak sömürüyorsa, siz 48 saat bile yapsanız, her 48 saatte bir CPU kullanımını %100 yaparsınız. Bot dosyasının elden geçmesi ve optimize edilmesi gerekir ve bunun sizinle değil, script yazarı ile alakası vardır. Kendisine bu durumu bildirirseniz eminim ilgilenecektir.