Önceden yapmış olduğum bir sitede 'WP No Category Base - WPML compatible' isimli bir eklenti kullanmışım.
Dediğiniz gibi kalıcı bağlantı ayarlarıyla alakası yok.
O yaptığım sitede kategorilenme şu şekilde : www.****k.org/katildigimiz-programlar/