Aslında bu işin en güzel yolu, işlemleri bir .php dosyası üzerinden yaptırmak, işlemlerin yapılacağı .php dosyalarınıda istediğiniz gibi şifreleyebilirsiniz. Bash ile php çalıştırmak basit kolaydır.

/usr/bin/php kurulum.php

Gibi.