.htaccess kod örneğiniz gözükmüyor ancak, site dosyalarınız arasında bir shell dosyası olabilir ve bu şekilde dosyalarınızı editliyor olabilirler.
Not: bu shell dosyası sadece sizin dosyalarınızda da olmayabilir sunucuda çalışan diğer sitelerde olan bir shell üzerinden de sizin dosyalarınıza erişerek işlem yapabilirler.
Sunucu size ait ise, iyi bir güvenlik konfirgasyonu yaptırmanızı öneririm. Eğer bir hosting hizmeti alıyorsanız durumu hizmet aldığınız yer ile görüşmeniz daha iyi olacaktır.