rm -f /etc/my.cnf

service mysql restart

diyerek tekrar bir deneyin.

Merhabalar ;
Eğer sorunu hiç bir şekilde çözemezseniz size şöyle bir önerim olacak.
Öncelikle eski sunucunuzun ssh sine root olarak giriş yapın.
cd /home
for i in $(ls /var/cpanel/users); do /scripts/pkgacct $i;done
Sırasıyla bu kodları uygulayın.Böylece eski sunucunuzdaki tüm siteler home dizinine yedeklendi.(tüm ayarları ile birlikte)
Daha sonra yeni sunucunuza root yetkisi ile ssh dan bağlanınız ve eski sunucunuzun home dizininde bulunan yedeklerinizi yeni sunucunuzun home dizinine çekiniz.
Son olarak yeni sunucunuzun ssh girişinden sırasıyla;
cd /home
for x in $(ls -A *.tar.gz | cut -d "-" -f 2 | cut -d "." -f 1); do /scripts/restorepkg $x; done
Kodlarını uyguladığınız anda yedekleriniz yüklenmeye başlayacaktır.Umarım işinize yarar.