yeni kurduğunuz bir sunucu ise bir kaç ihtimal var.

1. apachenizin konfigürasyon dosyasında (httpd.conf) AddDefaultCharset satırnı bulun, silin, apacheyi restart edin.

2. Scriptinizin mysql bağlantısı yapan dosyasına karakter setini latin5 olarak belirterek çekmeniz gerekiyor. Bunu örnek olarak veriyorum veriyorum belkide utf8 kullanıyorsunuzdur buna bakmak lazım. ayrıca sayfanızın header'ındaki charset kısmına bakmanız lazım

mysql_query("SET CHARACTER SET latin5");
mysql_query("SET COLLATION_CONNECTION = 'latin5_turkish_ci'");

3. İhtimal yedeği yanlış almış ve yüklemişsinizdir. Kontrol etmek lazım ama bir kaç ihtimal bunlar