Yanlış anlamadıysam şu yöntem işe yarayabilir, denemekte fayda var.

Html dosyasında head tagları arasına şunları ekleyin.

<!--[if IE ]>
<link href="./ie.css" rel="stylesheet" type="text/css"/>
<![endif]-->

Sonra dosyaların olduğu klasörde ie.css adında bir dosya oluşturup, içine şunları yazın:

#TB_window {
   position: relative;
   top: -400px;
}

Eğer ki ie de açtığınızda biraz daha yukarıda görürseniz, top: -400px kısmını arttırabilir veya duruma göre azaltabilirsiniz.

Eğer sorunu doğru anladıysam büyük ihtimal işe yarar, işe yaramazsa da elbet başka bir çözüm yolu buluruz.