CSS halinde problem olmaması normal. CSS to WP'ye yeni başlandığında bu sorun sıkça karşımıza çıkar. Genelde kapatılması gereken div'in kapatılmaması şeklinde tezahür ediyor.
Hatayı bulmak için;
Notepad++ programı ile kaynak kodu bi görüntüleyin, büyük ihtimal bulursunuz. Yoksa tek tek incelemeniz gerekecek.

O sitede problem olmayabilir. Bu tür hatalar genelde bir "div" in açılmaması, kapanmaması veya fazladan açılıp kapanması şeklinde karşımıza çıkıyor.
Netbeans programı kullanıyorsanız size hangi divin eksik/fazla olduğunu söyler.