CSS halinde problem olmaması normal. CSS to WP'ye yeni başlandığında bu sorun sıkça karşımıza çıkar. Genelde kapatılması gereken div'in kapatılmaması şeklinde tezahür ediyor.

Hatayı bulmak için;
Notepad++ programı ile kaynak kodu bi görüntüleyin, büyük ihtimal bulursunuz. Yoksa tek tek incelemeniz gerekecek.