Sorunu hallettim, bu konuda sıkıntı çeken arkadaşlar çözüm bu şekilde;

Temanın fonksiyon dosyasında olsun olmasın Wordpress'e fonksiyon ile js ve cssleri ototmatik çağırarsanız ve çağırılan dosyaların versiyon bilgileri mevcut ise sonralarına versiyon bilgisini koyuyor.

asdfg.js?ver=5.2
asdfg.css?ver=3.7

gibi. Bu versiyon bilgilerini kaldırmak için temanızın fonksiyon dosyasına bu kodu eklemeniz yeterli olacaktır;

function remove_cssjs_ver( $src ) {
if( strpos( $src, '?ver=' ) )
$src = remove_query_arg( 'ver', $src );
return $src;
}
add_filter( 'style_loader_src', 'remove_cssjs_ver', 10, 2 );
add_filter( 'script_loader_src', 'remove_cssjs_ver', 10, 2 );

Kaynak: http://wordpress.org/support/topic/g...of-cssjs-files