js dosyaları zaten genelde manuel eklendiği için istenmediğin versiyon bilgilerini silebilirsin.

eklentilerin eklediği kodlar için functions.php'de remove komutunu kullanırsın. güncellemelerde sıkıntı olmaz. tabi wp_head ve wp_footer gibi kodları silmezsen.

remove_action( 'wp_head', 'feed_links_extra'); // Display the links to the extra feeds such as category feeds
    remove_action( 'wp_head', 'feed_links'); // Display the links to the general feeds: Post and Comment Feed
    remove_action( 'wp_head', 'rsd_link'); // Display the link to the Really Simple Discovery service endpoint, EditURI link
    remove_action( 'wp_head', 'wlwmanifest_link' ); // Display the link to the Windows Live Writer manifest file.
    remove_action( 'wp_head', 'index_rel_link' ); // index link
    remove_action( 'wp_head', 'parent_post_rel_link', 10); // prev link
    remove_action( 'wp_head', 'start_post_rel_link', 10); // start link
    remove_action( 'wp_head', 'adjacent_posts_rel_link_wp_head', 10); // Display relational links for the posts adjacent to the current post.
    remove_action( 'wp_head', 'wp_generator'); // Display the XHTML generator that is generated on the wp_head hook, WP version