Bence her zaman ana dizinde çalışmak daha iyidir. Eğer sistemi bölecek olursanız subdomain ile çalışmak iyi olacaktır. Misal;

destek.xxxx.com
satis.xxx.com

Diğer türlü bütün hizmetlerinizi ana dizinden vermeniz daha mantıklı gibi.