Css kodlarının mevcut olması HTML'den direk wordpress'e entegre olacağı anlamına gelmiyor malesef. Kendinizce düzenlemeler yapmak istediğinizde bu düzenlemeleri mecbur yapacaksınız.
Genelde HTML tasarımlarda menü listelemelerinde ul ve li değerleri pek kullanılmaz. Ama yapılmayacak birşey değil. Bir kere kendinizi verip araştırmalar yaparak temayı hazırlarsanız sonrası zaten gelecektir. Wordpress alışkanlık yapıyor. : )