Ana dizindeki .htaccess içine bunu yazın (siteniz yazan kısımda kendi sitenizi yazın).. Sorun düzelecektir. Googlede indexlerde zaman içinde düzelecektir

RewriteEngine On
RewriteCond %{HTTP_HOST} !^www\.siteniz\.com
RewriteRule (.*) http://www.siteniz.com/$1 [R=301,L]