<?php the_content(); ?> burası ana konuyu verir. bundan önce verirsen konu başında sonra verirsen konu sonunda çıkar.

<?php woo_get_custom('embed'); ?> bu kod admin panelinden girilen embed yani videoyu verir bu yüzden bu kodu <?php wp_link_pages('before=<p>&after=</p>&pagelink=%.Bölüm'); ?> <?php woo_get_custom('embed'); ?> kodundan önce koymalısın.
Temayı incelemedim kodlara bakarak yorumladım muhtemelen sorunun çözülür.