bide farklı bir tema ile dener misiniz ? (hali hazırda yüklü beez teması olması lazım)
tahminimce ie css'lerinden kaynaklı bir genişlik veya modül yerleşim sorunu var gibi..

ja_purity_ii temanızın index.php sindeki aşağıdaki kodları bi silinde deneyin bakalım.. (yedek almayı ihmal etmeyin )

<!--[if IE]>
<link rel="stylesheet" href="http://www.ygsdenetim.com.tr/templates/ja_purity_ii/css/ie.css" type="text/css" />
<![endif]-->

<!--[if lt IE 7.0]>
<link rel="stylesheet" href="http://www.ygsdenetim.com.tr/templates/ja_purity_ii/css/ie7minus.css" type="text/css" />
<style>
.main { width: expression(document.body.clientWidth < 770? "770px" : document.body.clientWidth > 1200? "1200px" : "auto"); }
</style>
<![endif]-->

<!--[if IE 7.0]>
<style>
.clearfix { display: inline-block; } /* IE7xhtml*/
</style>
<![endif]-->

birde, tüm modüllerinizi kapatın ve tek tek açarak deneyin
bir ie'de kontrol edin sitenizi birde farklı tarayıcıda..
bakalım sorun devam mı edecek..


buna benzer bir sorunum olmuştu, galiba üst menüdeki genişlikten ya da bir yazının uzunluğundan dolayıydı (tam emin değilim )