Aynı sıkıntıyı bende şu şekilde yaşadım. Daha önceleri sürekli full backup alıp restore kısmından yüklediğimde siteler çalışıyordu. Daha sonraları dediğiniz gibi ana dizine klasör şeklinde açmaya ve yedekleri çalıştırmamaya başladı.

Hosting firmasına bildirdim, bu konuda bi bilgilerinin olmadığını, en son cpanel güncellemelerinden sonra böyle bir sorun olabileceğini bildirdiler.

Artık önce site yedeğini sonra da sql yedeğini elle yüklüyorum. Ama elbet bir çözümü olmalı. Ssh üzerinden yapamıyorsak nereden yapacağız?