Shortcode'lar yorumların içerisinde çalışıyor muydu? Benim bildiğim özel kodlar kullanılmadan sadece yazı içerisinde kullanılabiliyordu. Sanırım önce tanımladığın shortcode'u yorumlar içerisinde tanımlaman gerekiyor.
http://beerpla.net/2010/10/15/how-to...-and-sidebars/
adresinde işe yarar bir şeyler bulabilirsin. Sanırım add_filter('comment_text', 'do_shortcode'); satırı işine yarayabilir.