Aradığın şeyin adı "SNI" (Server Name Identification), basitçe tek bir ip üzerinde birden fazla domain için sertifika tanımlamaya yarar ve elbette her domain için sertifika alıp nginx'lere teker teker kurmalısın.

*Dikkat, evet böyle bir yöntem var ancak, her browser bu tip sertifika kurulumlarını desteklemiyor. (Windows XP üzerindeki IE desteklemiyor diye okumuştum bir yerlerde.)

Bunu istemezsen, her domain için ayrı bir ip alman gerekiyor. Bunu da istemezsen çok genel bir ödeme alan adı alıp işlemleri oradan yapabilirsin (odemeci.com/site1) gibi, böylece 1 tane ip ve 1 tane sertifika yeter.

Ayrıca, 100 tanede nginx in olsa, 1 sertifikayı hepsine birden kurmanda ben bir sakınca göremedim.