ip başına sertifika alacaksın. yani her site için ayrı ip kullanman lazım. ssl kurulumunuda her ikisinede yapabilirsin.
Cevabınız için teşkkürler. Bir sorum daha olacak, her iki sitenin içeriğide aynı, biri diğerine CNAME ile yönlendirilmiş durumda. Cname olmayan için ssl sertifika kurulumu yaptıktan sonra aynı sertifika CNAME olanda da çalışırmı, bilginiz varsa paylaşırsanız sevinirim.