Veritabanı adın mahmut olsun. Tablo ön ekin de armut olsun. Aşağıdaki sorguyu kendine göre değiştirip, phpmyadmin'de çalıştır.

DELETE a,b,c
FROM
	mahmut.armut_terms AS a
	LEFT JOIN mahmut.armut_term_taxonomy AS c ON a.term_id = c.term_id
	LEFT JOIN mahmut.armut_term_relationships AS b ON b.term_taxonomy_id = c.term_taxonomy_id
WHERE (
	c.taxonomy = 'post_tag'
	)

Eğer silmek istediğin herhangi bir yazı ile ilişkili olmayan etiketler ise ve etiketleri bot ile eklemediysen aşağıdakini kullan.

DELETE a,b,c
FROM
	mahmut.armut_terms AS a
	LEFT JOIN mahmut.armut_term_taxonomy AS c ON a.term_id = c.term_id
	LEFT JOIN mahmut.armut_term_relationships AS b ON b.term_taxonomy_id = c.term_taxonomy_id
WHERE (
	c.taxonomy = 'post_tag' AND c.count = 0
	)