For each ile değil, for ile kur döngünü. Böylece sıralama senin yazdığın şekilde olur.
$dizi = array('A','B','C','Ç','D','E','F','G','H','I','İ','J','K','L','M','N','O','Ö','P','Q','R','S','Ş','T','U','Ü','V','W','X','Y','Z');
for($i = 0; $i < 31; $i++){
echo $dizi[$i]." - ";
}