Kalıcı bağlantı ayarlarıyla oynadınız mı?
Belki ondan dolayı linkleri bulamıyordur.
404.phpde de anasayfaya yönlendirme falan olmuştur.
Hiç bişiyle oynanmadı gayet normaldi herşey, extra eklenti vb. şeyde yapmadım ayrıca sayfalarda hala doruyor silinme falanda yok. Ve temayıda degiştirdim wordpressin kendi temasında da aynı hata var