hepsini aynı yapmanız lazım.
yani utf-8 ise herşey utf-8 olmalı, latin5 ise herşey ansi ve iso8859-9 olmalı.

yani
1)dosyanın karakter kodlaması
2)mysql database karakter seti
3)html meta karakter seti
4)database açtıktan sonra
mysql_query("SET NAMES '***'");
mysql_query("SET CHARACTER SET ***");

aynı olmalı.
ayrıca strtoupper, strtolower gibi türkçe karakter desteği olmayan fonksiyonlar varsa temizlenmeli. hepsine dikkat ettiğinizde sorun kalmaz diye düşünüyorum.